Fallait pas faire le malin, ou la maligne
Pourquoi maligne et pas maline ?
Malin vient du latin malignus, qui voulait dire « mauvais, nuisible ».
En français ancien, on avait déjà la forme malin / maligne, héritée directement de ce mot latin.
Dans malin, le n ne se prononce pas, il sert seulement à nasaliser le in.
Or au féminin, on réactive le n :
malin → /ma-lɛ̃/ | maligne → /ma-linʲ/ (ma-ligne)
Donc on ajoute gn pour garder une prononciation naturelle.
C’est un vieux modèle hérité du latin.